2005-ൽ നടന്ന വിവാദപരമായ സൊഹ്‌റാബുദ്ദീൻ ശൈഖ് ഏറ്റുമുട്ടൽ കേസിൽ പ്രതികളെ വെറുതെവിട്ട നടപടിയെ ചോദ്യം ചെയ്തുള്ള ഹർജി പരിശോധിക്കാൻ സുപ്രീം കോടതി തീരുമാനിച്ചു. ചീഫ് ജസ്റ്റിസ് സൂര്യകാന്ത്, ജസ്റ്റിസ് ജോയ്മാല്യ ബാഗ്ചി, ജസ്റ്റിസ് വി. മോഹന എന്നിവരടങ്ങിയ ബെഞ്ചാണ് കേസിൽ നിർണ്ണായക നിലപാട് സ്വീകരിച്ചത്. വിചാരണ വേളയിൽ 210 സാക്ഷികളിൽ 92 പേർ കൂറുമാറിയത് അതീവ ഗൗരവമുള്ള കാര്യമാണെന്ന് കോടതി നിരീക്ഷിച്ചു. കേസിൽ നീതിപൂർവ്വമായ വിചാരണ നടന്നിട്ടുണ്ടോ എന്ന് പരിശോധിക്കേണ്ടതുണ്ടെന്ന് വ്യക്തമാക്കിയ കോടതി, വെറുതെവിട്ട 22 പ്രതികൾക്കും നോട്ടീസ് അയക്കാൻ ഉത്തരവിട്ടു. അതേസമയം, കേസിൽ നിന്ന് കേന്ദ്ര ആഭ്യന്തര മന്ത്രി അമിത് ഷായെ ഒഴിവാക്കിയ നടപടി വീണ്ടും പരിഗണിക്കില്ലെന്ന് സുപ്രീം കോടതി വ്യക്തമാക്കി.

മുംബൈയിലെ സിബിഐ പ്രത്യേക കോടതി 2018-ൽ പ്രതികളെ വെറുതെവിട്ടിരുന്നു. ഇത് ശരിവെച്ച ബോംബെ ഹൈക്കോടതി വിധിക്കെതിരെ സൊഹ്‌റാബുദ്ദീന്റെ സഹോദരൻ നയാബുദ്ദീൻ ശൈഖാണ് സുപ്രീം കോടതിയെ സമീപിച്ചത്. 21 പോലീസ് ഉദ്യോഗസ്ഥർ ഉൾപ്പെടെയുള്ള പ്രതികൾക്കെതിരെ വ്യക്തമായ തെളിവുകളുണ്ടായിട്ടും വിചാരണ ശരിയായി നടന്നില്ലെന്ന് ഹർജിക്കാരൻ വാദിച്ചു. കേസ് പൂർണ്ണമായി വീണ്ടും പരിശോധിക്കുന്നതിന് പകരം, നിർണ്ണായകമായ ചില സാക്ഷികളുടെ മൊഴികൾ മാത്രം പരിശോധിച്ച് തീരുമാനമെടുക്കാമെന്നാണ് സുപ്രീം കോടതി വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുള്ളത്.  

2005-ൽ ഗുണ്ടാസംഘ നേതാവ് സൊഹ്‌റാബുദ്ദീൻ ഷെയ്ഖ്, ഭാര്യ കൗസർ ബി, സഹായി തുളസിറാം പ്രജാപതി എന്നിവരെ ഗുജറാത്ത്, രാജസ്ഥാൻ പോലീസ് സംഘങ്ങൾ ചേർന്ന് ഏറ്റുമുട്ടലിലൂടെ വധിച്ചു എന്നതാണ് കേസ്. ഹൈദരാബാദിൽ നിന്ന് മഹാരാഷ്ട്രയിലേക്ക് ബസ്സിൽ സഞ്ചരിക്കുമ്പോഴാണ് ഇവരെ കസ്റ്റഡിയിലെടുത്തത്. പിന്നീട് അഹമ്മദാബാദിൽ വെച്ച് സൊഹ്‌റാബുദ്ദീനും ദിവസങ്ങൾക്ക് ശേഷം കൗസർ ബിയും പോലീസ് ഏറ്റുമുട്ടലിൽ കൊല്ലപ്പെടുകയായിരുന്നു. 2006-ൽ മറ്റൊരു ഏറ്റുമുട്ടലിൽ തുളസിറാം പ്രജാപതിയും കൊല്ലപ്പെട്ടു.